Το κύριο καθήκον της διοίκησης των εφοδιαστικών αλυσίδων είναι η λήψη αποφάσεων. Οι αποφάσεις αυτές στοχεύουν κυρίως στην εναρμόνιση της ζήτησης και προσφοράς σχεδιάζοντας τις λειτουργίες της εφοδιαστικής αλυσίδας με τέτοιο τρόπο, ώστε να επιτυγχάνεται η μέγιστη απόδοση. Για τον λόγο αυτό είναι σημαντική η επικοινωνία μεταξύ των εμπλεκομένων μερών της εφοδιαστικής αλυσίδας και η ευθυγράμμιση των στόχων των εμπλεκομένων μεταξύ τους όπως και με τον συνολικό στόχο της εφοδιαστικής αλυσίδας (Reklitis et al., 2021).
Προκειμένου η διοίκηση να προβεί στην λήψη αποφάσεων, πρέπει να λάβει υπόψη τους κινδύνους και τις αβεβαιότητες που υπάρχουν. Η διαχείριση κινδύνου είναι μία μέθοδος διαχείρισης των αβεβαιοτήτων, η οποία περιλαμβάνεται στη διαδικασία λήψης αποφάσεων. Η λήψη αποφάσεων μπορεί να γίνει με την εφαρμογή, είτε ποιοτικών, είτε ποσοτικών μεθόδων.
Οι τομείς λήψης αποφάσεων στην εφοδιαστική αλυσίδα διακρίνονται σε στρατηγικούς, τακτικούς και λειτουργικούς. Τα στρατηγικά ζητήματα περιλαμβάνουν, για παράδειγμα, τα προϊόντα και τις υπηρεσίες που θα παράγονται, τον καθορισμό του μεγέθους και της τοποθεσίας των εργοστασίων παραγωγής ή των κέντρων διανομής, αποφάσεις για τη δομή των δικτύων υπηρεσιών, και τον εργοστασιακό σχεδιασμό. Τα τακτικά ζητήματα περιλαμβάνουν αποφάσεις σχετικά με την παραγωγή, τη μεταφορά και τον προγραμματισμό αποθεμάτων. Οι λειτουργικές αποφάσεις περιλαμβάνουν τον προγραμματισμό και έλεγχο της παραγωγής, τον έλεγχο αποθεμάτων, τον ποιοτικό έλεγχο, τη δρομολόγηση οχημάτων, τη διάθεση και τον χειρισμό υλικών και εξοπλισμού και τις πολιτικές συντήρησης.