Βιοπληροφορική

Γενική θεώρηση του δυναμικά αναπτυσσόμενου 
επιστημονικού πεδίου της Βιοπληροφορικής:

1. παρουσίαση χαρακτηριστικών σύγχρονης Βιολογίας.
2. αναφορά στις βασικές εξελίξεις που συνετέλεσαν στην ανάπτυξη της Βιοπληροφορικής και στην "μανία" των -omics.
3. επισκόπηση εφαρμογών και προκλήσεων της Βιοπληροφορικής.

1. Αναφορά στη χρησιμότητα των βιολογικών ΒΔ.
2. Κατανόηση των χαρακτηριστικών, των ιδιαιτεροτήτων και των μοντέλων των βιολογικών ΒΔ.

3. Παρουσίαση των κατηγοριών των βιολογικών ΒΔ.

4. Αναφορά στις χαρακτηριστικότερες ΒΔ

   –νουκλεοτιδικών ακολουθιών

   –αμινοξικών ακολουθιών

   –δομών μακρομορίων

5. Παρουσίαση βασικών εκπροσώπων των:

   –δευτερογενών βιολογικών ΒΔ

   –εξειδικευμένων ΒΔ

   –βιβλιογραφικών ΒΔ

6. Εξοικείωση με την αναζήτηση στις βιολογικές ΒΔ.

1. Κατανόηση της συσχέτισης ομολογίας –ομοιότητας.
2. Παρουσίαση των πληροφοριών που προκύπτουν από τη μελέτη της ομοιότητας σε επίπεδο ακολουθιών.
3. Ανάλυση της στοίχισης ακολουθιών.
4. Κατανόηση των διαφορετικών ειδών στοίχισης.

1. Κατανόηση της σημασίας του συστήματος βαθμολόγησης της στοίχισης.
2. Παρουσίαση των πινάκων αντικατάστασης PAM και BLOSUM.
3. Επεξήγηση των μοντέλων βαθμολόγησης των ποινών.

1. Παρουσίαση της μεθόδου κατασκευής και των εφαρμογών των διαγραμμάτων πινάκων σημείων.
2. Επεξήγηση των αλγορίθμων δυναμικού προγραμματισμού για τη στοίχιση ακολουθιών ανά ζεύγη.
3. Κατανόηση της διαφοράς μεταξύ της βέλτιστης και της βιολογικά σωστής στοίχισης.

1. Κατανόηση της αναγκαιότητας των ευριστικώναλγορίθμων στην αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων ακολουθιών.
2. Επεξήγηση των μεθόδων FASTA και BLAST.

1. Παρουσίαση των εφαρμογών της αναζήτησης ομοιότητας με αμινοξικές και νουκλεοτιδικέςακολουθίες.
2. Επεξήγηση των στατιστικών μεθόδων για την αξιολόγηση της σημαντικότητας μιας στοίχισης.

1. Αναφορά στις παραλλαγές του BLAST.
2. Εξοικείωση με τη διεπαφή του BLAST.

1. κατανόηση της έννοιας και των εφαρμογών της πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών.
2. επιλογή των ακολουθιών προς στοίχιση.
3. παρουσίαση των διαφορετικών μορφοποιήσεων της πολλαπλής στοίχισης.
4. κατανόηση των εναλλακτικών μεθόδων βαθμολόγησης της πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών.

1. Κατανόηση των μεθόδων πολλαπλής στοίχισης.
2. Ανάδειξη των πλεονεκτημάτων και μειονεκτημάτων των τεχνικών αυτών.

1. παρουσίαση των μοντέλων πολλαπλής στοίχισης.
2. κατανόηση των εφαρμογών και των περιορισμών τους.

1. παρουσίαση και ανάδειξη της σημασίας της φυλογενετικής ανάλυσης.
2. παρουσίαση των χαρακτηριστικών των φυλογενετικών δέντρων.
3. επιλογή ακολουθιών για φυλογενετική ανάλυση.

1. Επεξήγηση των μεθόδων (ανα-)κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.
2. Παρουσίαση των πλεονεκτημάτων και μειονεκτημάτων των τεχνικών αυτών.

1. επισκόπηση των βασικών στοιχείων των πρωτεϊνικών δομών.
2. συσχέτιση ακολουθίας – δομής – λειτουργίας.
3. παρουσίαση πεδίων δομικής βιοπληροφορικής.

1. ανάλυση των απαιτήσεων μοριακής οπτικοποίησης.
2. κατανόηση της χρησιμότητας σύγκρισης πρωτεϊνικών δομών.
3. παρουσίαση χαρακτηριστικών βάσεων δεδομένων ταξινόμησης πρωτεϊνικών δομών.

1. κατανόηση της αναγκαιότητας και των εφαρμογών της υπολογιστικής πρόγνωσης δομής.
2. επισκόπηση των μεθόδων πρόγνωσης δευτεροταγούς δομής.
3. αναφορά στα μέτρα εκτίμησης της ακρίβειας πρόγνωσης.
4. επισκόπηση των μεθόδων αναγνώρισης διπλώματος και απ’ αρχής πρόγνωσης πρωτεϊνικών δομών.